Khi theo dõi Cesare, Ezio thấy hắn giết hại thẳng tay Francesco Troche – một người trung thành lâu năm với nhà Borgia, chỉ vì nghi ngờ ông ta đã phản bội, qua đó càng thể hiện sự tàn nhẫn của con người này. Ezio sau bám theo Micheletto, rồi lần lượt ám sát tay sai của hắn và thay thế vào đó là người của mình để mong ngăn chặn vụ ám sát Pietro Rossi. Đến buổi biểu diễn của Pietro tại Đấu trường Colosseum, Ezio đã kịp thời ngăn chặn vụ ám sát ngay khi Micheletto định đâm chết Pietro. Hãy cùng Kisugame theo dõi tiếp diễn biến Assassin’s Creed Brotherhood cuộc chiến của Ezio với nhà Borgia chính thức kết thúc.
- Assassin’s Creed Brotherhood – La Volpe quả quyết với Ezio rằng Niccolo Machiavelli là nội gián của Hội Assasin (P3)
- Assassin’s Creed Brotherhood – Tóm tắt cốt truyện cuộc chiến tại Roma và Ezio giải cứu Katarina (P2)
- Assassin’s Creed Brotherhood – Cốt truyện game mở đầu khi kịch ập tới thành Monteriggioni (P1)
Tuy nhiên thì Micheletto nói rằng để chắc chắn hắn cũng đã đầu độc Pietro, Ezio vội vàng đứng lên và đưa Pietro đến chỗ thầy thuốc để chữa trị. Anh cũng không giết Micheletto, vì đó không phải mục tiêu của anh. Sau khi thu được chìa khóa từ tay Pietro, Ezio bỗng thấy một người lính đã từng ở thành Monteriggioni khi Cesare tấn công, rõ ràng lúc đó hắn đã ở lại để câu giờ để người dân có thể di tản vậy mà giờ lại xuất hiện ở đây. Tên lính vừa thấy Ezio thì đã lập tức bỏ chạy, nhận thấy có điều gì đó không ổn nên Ezio đã vội vàng đuổi theo. Sau khi truy đuổi, Ezio đã bắt được kẻ này và tra hỏi hắn về vụ tấn công, anh phát hiện ra hắn chính là kẻ phản bội khi lấy được lá thư chứng minh hắn là người của Templar chứ không phải Niccolo Machiavelli.
Ezio sợ rằng La Volpe sẽ giết hại nhầm người, anh vội vàng chạy đến chỗ củaNiccolo Machiavelli và ngăn cản La Volpe kịp lúc. Khi Ezio đưa bằng chứng cho La Volpe thì hiểu lầm của 2 người đã được hoà giải và Niccolo Machiavelli cùng La Volpe lại thân thiết như xưa. Hội Sát Thủ ngày càng trở nên mạnh mẽ trong khi bè lũ Templar ngày càng suy yếu, nhận ra sắp đến lúc cuộc chiến cuối cùng diễn ra, Ezio một lần nữa tập hợp lại tất cả. Đồng thời đưa ra lời mời gia nhập Hội Assassin cho Claudia – em gái của Ezio, cũng giống như anh ngày xưa đã được chú Mario mời gia nhập và Claudia đồng ý và khắc dấu lên ngón áp út.
Ngay sau đó thì Niccolo Machiavelli đã bước lên lên và nói rằng với những công lao đã lập được cho Hội thì Ezio xứng đáng được tôn lên làm Trưởng giáo của Hội Sát Thủ – người đã dẫn dắt tất cả đến với chiến thắng. Ezio bước lên và chính thức trở thành lãnh đạo tối cao của Hội Sát Thủ tại Italia và một lần nữa anh lại cùng với những người huynh đệ của mình nhắc lại câu châm ngôn của Hội.
Với lực lượng mạnh mẽ hiện giờ thì phe Assasin bắt đầu chiến dịch phản công phe Templar, Ezio được thông báo rằng Cesare Borgia đã trở lại Rome và gặp gỡ với cha hắn Rodrigo Borgia tại Lâu đài Sant’Angelo. Ezio sau đó là chứng kiến tận mắt cảnh Rodrigo định đầu độc con trai của mình trong khi anh bí mật theo dõi Cesare, nhưng cuối cùng lại bị chính người con trai trưởng phản bội và giết lại. Mhư vậy chỉ vì một báu vật như Quả Táo Địa Đàng đã làm gia đình Borgia tan vỡ, để con trai giết hại người cha của mình và cam hận chính người em gái và cũng là tình nhân của mình Lucrezia Borgia
Cesare rời khỏi tòa lâu đài sau khi khai thác được vị trí của Quả Táo Địa Đàng, dù Rodrigo là kẻ thù không đội trời chung với Ezio, nhưng anh vẫn ở bên hắn những giờ phút cuối cùng và cầu cho linh hồn kẻ đáng tội này được siêu thoát đúng với những gì anh đã được học hỏi từ người chúc quá cố Mario của mình. Ezio nhanh chóng tới Thánh đường St. Peter’s Basilica, nơi Rodrigo giấu Quả Táo Địa Đàng để đoạt lấy nó trước khi Cesare tới nơi.
Trong các tháng tiếp theo với sự trợ giúp của các sát thủ khác, Ezio sử dụng Báu Vật Địa Đàng và lực lượng phiến quân của mình để tiêu diệt hoàn toàn những tên đồng bọn còn lại của Cesare ở Rome và khiến quân đội của hắn trở nên suy yếu nghiêm trọng. Tình thế buộc Cesare phải tung ra tất cả sức mạnh còn lại của Templar vào cuộc chiến, hòng lấy lại sức mạnh và phản công lại phải phe Assassin. Nhưng các sát thủ đã đuổi kịp hắn, Ezio giơ cao của tao đang trên tay và với tư cách là Trưởng giáo của Hội Sát Thủ tại Italia, anh hô vang mệnh lệnh tấn công cho toàn bộ các huynh đệ.
Lực lượng của Cesare nhanh chóng bị đánh bại, dù vậy thì hành đã kịp thời lách mình qua được cánh cổng sắt ngăn cách Roma với thế giới bên ngoài. Hắn cười khẩy khi phe Sát Thủ đã bị bỏ lại phía sau và Cesare đã kịp thời tẩu thoát, nhưng đúng lúc đó thì Fabio Orsini – người ta xuất hiện từ đầu game với tư cách là tướng lĩnh của Cesare ủng hộ phe Sát Thủ đã kịp thời có mặt ở ngay phía bên ngoài cổng.
Fabio nhanh chóng bắt giữ Cesare theo lệnh của Giáo hoàng Julius II, đây cũng là một nhân vật lịch sử có thật, ông là giáo hoàng tiền nhiệm cho đến khi Rodrigo Borgia lên nắm giữ chức ở Assassin’s Creed 2. Khi bị lôi đi thì Cesare đã hét lên rằng sẽ không có kẻ nào có thể giữ được hắn và cũng không có kẻ nào có thể giết được hắn.
Cuộc chiến với nhà Borgia đã kết thúc, Ezio lặng người suy nghĩ về những thứ mà chúng đã tước đi khỏi anh. Cái chết của cha hay 2 em ruột và chú Mario, đẩy gia đình anh vào hoàn cảnh khốn đốn và cũng cướp đi mối tình đầu của cuộc đời anh Cristina Vespucci.
