Tiếp tục câu chuyện sau những sự cố mà Cha Vittorio thì Agent 47 đã quyết định quay lại tổ chức IAC, đây có lẽ cũng là cách cuối cùng có thể bảo vệ cho những người thân xung quanh anh.
- HitMan – Dòng thời gian game hành trình trở thành sát thủ số một lịch sử (P1)
- GTA 5 – Grand Theft Auto 5 – Cốt truyện game hành động huyền thoại
- Mafia 3: Definitive Edition – Cốt truyện game hành trình của Lincoln gặp bạn đồng hành
Chapter 3: Hitman “Blood Moneys” – Năm 2006
Trong nhiều năm sau, Clone 47 vẫn tiếp tục công việc của một sát thủ và chứng minh rằng anh vẫn còn giữ được phong độ của ngày nào. Vào lúc đó thì tổ chức The Franchise tạo nên một đội quân người nhân bản dựa trên những công thức đã tạo ra Clone 47, tổ chức này sau đó tấn công ICA từ mọi phía và cố gắng giết chết Clone 47 lẫn Diana. Do bị cắt đứt liên lạc với ICA và không còn đường lui, Diana đã giả vờ theo phe The Franchise và đồng thời hạ độc Clone 47.
Thật ra thì chất độc này chỉ là huyết áp của Clone 47 giảm đến mức rất thấp, khiến tổ chức kia tưởng rằng anh đã chết. Trong đám tang của Clone 47, Diana đã sử dụng son môi có chứa chất giải độc và hôn anh đã làm Clone 47 tỉnh lại rồi xử đẹp tất cả những ai liên quan tới tổ chức này. Sau cuộc thảm sát đó anh trở lại ICA và tiếp tục làm việc với Diana.
Chapter 4: Hitman “Absolution” – Năm 2012
Khi ICA nắm được quyền kiểm soát vũ khí lẫn những hợp đồng trên toàn thế giới, thì Diana phát hiện ra một sự thật rằng – một chương trình nhân bản lại đang được tiến hành mà ICA không hề hay biết. Thế là cô bắt đầu lập kế hoạchd để lật tẩy cấp trên trước toàn bộ báo chí, dẫn đến việc hắn ta cử người đến ám sát cô trong lúc Clone 47 đang làm nhiệm vụ. Rất may là Diana đã sống sót và trốn thoát với Victoria – cô bé là một sản phẩm của chương trình nhân bản. Nhưng không ai cấp trên của Diana đã cử Clone 47 đến để giết cô.
Sau khi tra khảo về động cơ cũng như tại sao Diana lại phản bội IAC thì Clone 47 đồng ý giúp cô và ngụy tạo cái chết cho Diana. Trước lời thỉnh cầu của Diana và sự đồng cảm không hề nhẹ với bé Victoria thì Clone 47 cuối cùng có đồng ý bảo vệ cô bé trước mọi người bắt cóc lẫn ám sát, đồng thời trong quá trình đó cũng chấm dứt luôn nhiều tổ chức tội phạm pháp và lật tẩy được bộ phận tham nhũng trong ICA. Victoria được đưa đến một nơi an toàn trong khi Clone 47 và Diana sẽ trở lại làm việc cho IAC.
Chapter 5: “Hitman” – Năm 2016 đền 2018
Lại nhiều năm trôi qua, Clone 47 thực hiện thành công rất nhiều vụ ám sát, từ nhà thời trang nổi tiếng đến buôn bán thuốc phiện, cũng như những người đứng đầu các tổ chức khủng bố. Trong tất cả các nhiệm vụ, anh đều hoàn thành rất chuyên nghiệp, tuy nhiên Diana đã tiết lộ rằng những người và anh ám sát trong thời gian gần đây điều thuộc tổ chức ngầm dang cố cai trị thế giới được gọi là The Providence. Điếu đó chứng tỏ rằng người tạo ra những hợp đồng này có thù ghét với tổ chức trên, họ gọi người đó là Shadow Client – Người khách trong bóng tối.
Tổ chức Providence trả một khoản kếch xù cho ICA để điều tra và danh tính của Shadow Client, Clone 47 lần theo những mối của những người có liên quan tới Shadow Client này này và cũng hạ gục luôn bọn họ. Khi ICA chia tay cuối cùng của năm được chủ mưu của Shadow Client là Lucas Grey, sau đó thì Constance – một thành viên của Providence đã gửi Clone 47 đến nhà để giám sát anh ta.
Khi đối đầu Clone 47 đối đầu với Lucas Grey tức là Clone 6 – người bạn chí cốt của anh ta lúc trước, anh ta nhớ lại mọi chuyện. Clone 6 sau đó tiết lộ rằng người đã tạo ra họ – Ort Meyer – thật chất là một thành viên dưới quyền kiểm soát của Providence, chứng tỏ tổ chức này chính là kẻ đứng đằng sau những cuộc thí nghiệm nhân bản người vô tính. Diana đồng ý giúp đỡ Clone 47 và Clone 6, đồng thời gửi một bản báo cáo giả đến ICA. Cả 3 sau đó bắt cóc Constance và bắt gã tiết lộ ra thông tin về những tổ chức khác có liên quan tới Providence.
Đến đây Hitman 2 cùng kết thúc với cảnh Clone 47 và Clone 6 đang trên đường tìm đến những thành viên còn lại của Providence, trong khi Constance tiết lộ rằng rất có thể người giết cha mẹ của Diana chính là sát thủ Clone 47.
