Tiếp tục seri tóm tắt cốt truyện Assassin’s Creed 2 sau khi Ezio có được cơ hội tấn công thành công Uberto.
➣ Assassin’s Creed 2 – Cốt truyện game hiềm khích của gia tộc Auditore và Pazzi (P1)
➣ Assassin’s Creed 2 – Cốt truyện trò chơi bi kịch của Gia tộc Auditore bắt đầu (P2)
Bị cơn giận dữ làm mờ mắt, đến lúc này Ezio mới nhận ra là đám lính gác đã bao vây anh, may mắn thay Ezio đã kịp thời trèo lên tưởng chạy trốn qua những mái nhà và nhanh chóng cắt đuôi đám lính. Bây giờ anh đã trở thành một kẻ bị truy nã gắt gao nhất ở Florence, tình thế bắt buộc Ezio phải rời khỏi thành phố cùng với mẹ và em gái của mình đến một Monteriggioni. Sau đó, anh đã nhờ người chú là Mario Auditore giúp đỡ và tạm trú ở đây.
Mario dạy anh nhiều kỹ năng chiến đấu chủ yếu là về kiếm thuật và tiết lộ cho anh rằng lịch sử của gia tộc Auditore có rất nhiều thành viên đã chiến đấu và phục vụ cho phe Assassin nhằm chống lại thế lực Templar muốn thôn tín sự tự do của không chỉ thành phố này mà còn ở rất nhiều nơi khác và cả ông cũng như cha của Ezio là Giovanni đều tham gia tổ chức này.
Mario dự định sẽ huấn luyện cho Ezio trở thành một sát thủ nhưng anh từ chối bởi vì anh muốn bảo vệ mẹ và em gái của mình an toàn, đồng thời tránh xa mọi rắc rối. Dù vậy thì Ezio vẫn giúp đỡ Mario và phe Assasin để trả ơn cứu mạng, đồng thời tìm hiểu rõ về kẻ đã thực sự đứng sau âm mưu sát hại gia đình anh.
Bên cạnh đó, anh cũng biết Uberto chỉ là một con tốt thí mạng, Ezio muốn kẻ đó phải trả giá. Đầu tiên Ezio tới thành phố San Gimignano chống lại những cuộc tấn công liên tục và tòa thành của Mario thời gian gần đây và những kẻ tấn công đó lại được chỉ huy bởi một người quen cũ của Ezio không ai khác chính là vì Vieri de Pazzi. Anh nhanh chóng lẻn vào trong thành phố, mở cổng chính cho Mario và đội quân lính đánh thuê của ông tiến vào, nhưng mọi việc chỉ được thực sự bắt đầu khi màn đêm buông xuống ở khắp mọi ngã đường trong thành phố.
Lúc này thì Ezio vô tình đã chứng kiến một cuộc trò chuyện ngắn giữa thủ lĩnh của phe Templar gồm Jacopo de Pazzi, Francesco de Pazzi và Vieri de Pazzi, Ezio nhận ra bọn chúng điều có dính líu đến cái chết của cha anh và bọn chúng cũng đang nằm trong danh sách những kẻ phải chết.
Sau khi lũ Templar bỏ đi chỉ còn lại Vieri và Mario bắt đầu triển khai kế hoạch. Trong khi Mario và lính đánh thuê đang đánh lạc hướng đám quân lính thì Ezio leo lên ngọn tháp và tiếp cận Vieri. Nhờ sự tập luyện kiếm thuật và tài năng thiên bẩm được truyền lại từ tổ tiên, anh dễ dàng giết chết được Vieri, Ezio cố gắng hỏi về những kẻ đã nhúng tay giết cha mình nhưng Vieri quyết đưa bí mật đó xuống mồ. Anh giận giữ sử dụng Vieri cho đến khi chú Mario nhắn anh lại phải nhắc nhở về truyền thống của Assassin đó là để tôn trọng với những người Assassin giết chết, cho nên sau này mỗi khi hạ gục mục tiêu Ezio điều nói một câu trước khi kẻ thù nhắm mắt là Rest in Peace.
Năm 1478, Ezio quay trở lại Florence để thu thập thông tin về một âm mưu chống lại Gia tộc Medici – một đồng minh của Gia tộc Auditore. Nhờ sự giúp đỡ của tên trùm trộm cắp ở trong thành là La Volpe, anh nghe lén được kế hoạch giết hại cả gia đình Medici của Templar mà những kẻ chủ mưu là nhà Pazzi. Ngay ngày hôm sau, Ezio đến ngăn chặn âm mưu của chúng, cho dù ra sức chống đỡ nhưng vẫn không thành công. Chúng đã khiến cho Lorenzo de’ Medici bị thương và giết hại em trai của ông ngay tại khu vực quảng trường đông người với mục đích chính là để thị uy và phô trương thân thế.
Sau khi hộ tống Lorenzo de Medici an toàn về nhà, anh tiết lộ danh tính thật của mình. Lorenzo nhận ra rằng ở ông biết cha của Ezio, Lorenzo cũng nhờ anh cứ lấy thành phố và tiêu diệt nhà Pazzi trước khi chúng thôn tính cả thành phố. Ezio dò ra vị trí của một trong những kẻ đã tham gia hạn sát Lorenzo là Francesco, anh giết hắn ngay trên một ngọn tháp, nhưng cũng đồng thời đánh động cho những kẻ còn lại khiến chúng chạy trốn ra khỏi thành phố.
Lorenzo cảm tạ Ezio vì đã giúp đỡ và cứu mạng gia đình ông, từ đây một tình bạn thân thiết giữa hai Gia tộc Auditore và Medici ngày càng trở nên bền chặt hơn. Sau đó Ezio đã lần lượt truy lùng và ám sát những kẻ còn lại của nhà Pazzi, bao gồm Antonio Maffei, Stefano da Bagnone và Bernardo Baroncelli và cuối cùng là Francesco Salviati.
Trong hành trình báo thù của mình thì Ezio cũng đã gặp được một số người bạn mới như nữ bá tước Caterina Sforza của Forli, hai vợ chồng Rosa và Antonia de Magnianis, Teodora Contanto – bà chủ nhà thổ ở Florence. Bên cạnh đó với những cuộn giấy Codex thu thập được thì Leonardo ra sức cải thiện Hidden Blade cho Ezio như là làm thêm 1 chiếc nữa để anh có thể hạ gục 2 kẻ thù của 1 lúc. Hay tẩm độc vào Hidden Blade, thắp thêm một khẩu súng nhỏ để có thể hạ gục kẻ địch từ xa.
Với sự trợ giúp đắc lực lần này thì lần lượt 4 kẻ địch còn lại của nhà Pazzi đều bị hạ sát thành công, chỉ còn sót lại kẻ đứng đầu nhà Pazzi là Jacopo de Pazzi, kẻ Ezio tin rằng là người đứng đằng sau cuộc mưu phải này và là mục tiêu anh nhất định phải tiêu diệt. Ezio đã theo dõi hắn và bắm theo Jacopo sau khi cuộc mưu phản kết thúc và nhận ra hẳn đến một nơi được canh giữ bởi khá nhiều lính gác, xem ra hắn đến gặp một nhân vật cực kỳ quan trọng. Khi đến nơi anh thấy Jacopo đang nói chuyện với một kẻ trùm đầu bí ẩn là kẻ có mặt khi cả nhà anh bị xử tử và cũng là kẻ chủ trì cuộc họp trong việc ám sát nhà Medici, có lẽ đây mới là kẻ đứng sau mọi chuyện.
Ezio còn đang suy nghĩ thì bỗng thấy tên trùm đầu rút dao ra và đâm Jacopo rồi kết tội hắn phải chết vì đã thất bại trong việc giết chết nhà Medici. Ezio vội da mặt và ngay lúc đấy thì tên trùm đầu mới tiết lộ rằng hắn đã biết anh có mặt ở đó từ lâu, hắn ra lệnh cho binh lính giết chết anh rồi bỏ đi ngay sau đó. Nhưng Ezio dễ dàng thoát khỏi vòng vây và giết chết đám lính nhưng xem ra thì đã không đuổi kịp nữa rồi, anh quay lại và kết liễu Jacopo chấm dứt sự đau đớn của hắn. Cuộc mưu phản của nhà Pazzi đã chính thức khép lại từ đây.
