Nối tiếp series cốt truyện game Assassin’s Creed 1 khi Malik thành công nhiệm vụ và trở về pháo đài Masyaf của Hội Assassin.
- Assassin’s Creed 1 – Cốt truyện của dòng game hành động lén lút hàng đầu (P1)
- Resident Evil 2 – Cốt truyện nối tiếp thành công vang dội của phần đầu
- God of War – Cốt truyện game Vũ trụ God of War các Primordial và Titan
Malik chất vấn Altaïr và đã nói rằng Altaïr đã phá luật của hội và hành động khinh xuất dẫn đến cái chết của Kadar và suýt nữa thì khiến báu vật bị đánh cắp. Malik yêu cầu Altaïr phải bị xử tử để chuộc lỗi, nhưng ngay lúc đó thì có tin báo rằng Robert de Sablé cùng với quân đội Templar đang tấn công vào một ngôi làng dưới chân núi. Vì lý do này mà Al Mualim đã tạm thời tha tội cho Altaïr lệnh cho anh trợ giúp các sát thủ khác sơ tán người dân.
Altaïr đánh bạn những tên lính tiên phong của Templar và giúp tất cả rút lui và pháo đài an toàn. Ngay sau đó thì quân đội chính của Robert tới nơi và bao vây pháo đài và đòi Al Mualim phải trao lại báu vật Apples of Eden, nếu không thì hắn sẽ cho san bằng thành Masyaf. Al Mualim đã đáp lại rằng hội Assassin sẽ không bao giờ đầu hàng và bí mật lệnh cho Altaïr khởi động cái bẫy để thả những khúc gỗ từ trên xuống vào quân của Robert. Altaïr đã thành công quân của Templar phải rút khỏi Masyaf.
Sau đó thì Al Mualim đã thực hiện một buổi định tội công khai với Altaïr, ông nói rằng Altaïr nói rằng đã có công lớn giúp đánh đuổi hội Templar. Nhưng anh thành công là bởi vì anh đã nghe theo lệnh, còn khi ở đền Solomon Altaïr thất bại vì anh đã tự hành động khinh suất. Ông nhắc lại 3 điều luật của Hội Assasin cho Altaïr nghe và nói rằng ảnh đã vi phạm cả 3 điều.
- Thứ nhất là không được sát hại người vô tội, mà Altaïr đã giết chết ông lão vô tội ở đền Solomon
- Thứ hai là phải luôn luôn ẩn mình, che giấu bản thân trong khi Altaïr đã tự mình lộ diện trước Robert
- Thứ ba là không được hành động khinh suất gây tổn hại tới Hội Assassin, hành động của Altaïr đã gián tiếp cho Templar có cớ thể tấn công Masyaf
Chính vì 3 lý do trên Al Mualim đã phán Altaïr tội chết và đâm ra vào bụng anh đến đây thì khung cảnh mờ đi và có vẻ như là Altaïr đã chết.
Tuy nhiên ngay màn chơi ngay sau đó Altaïr hóa ra vẫn còn sống và khỏe mạnh, đang đứng ở phòng của Al Mualim, anh nói rằng tưởng mình đã chết nhưng Al Mualim nói rằng anh thấy những gì ông muốn anh nhìn thấy. Game thật sự không giải thích rõ ràng chi tiết này nhưng có vẻ như là Al Mualim đã sử dụng một loại thuốc hay một loại thần dược nào đó gây ảo giác lên Altaïr, để khiến anh có cảm giác như thật là mình đã bị đâm và đã chết.
Al Mualim nói rằng sẽ thật phí phạm khi giết chết một sát thủ tài năng như Altaïr, tuy vậy thì anh vẫn phải bị trừng phạt. Al Mualim giáng chức anh từ một master trở thành học việc là lện cho anh phải đi tìm kẻ phản bội đã tiếp tay cho Templar tấn công Masyaf mà không có sự trợ giúp như trước đây.
Altaïr sau đó ra đi xuống phía dưới phía làng, tận dụng những kỹ năng như nghe lén, bí mật theo đuôi và cuối cùng đã bắt được kẻ phản bội và đem về cho Al Mualim xử tử. Nhờ thành công này mà Altaïr được trao lại vũ khí là cây Hidden Blade và thanh kiếm. Al Mualim nói rằng đây mới chỉ là bước đầu tiên để Altaïr có thể lấy lại được danh dự của mình ở Hội Assassin. Để có thể quay trở lại thành một thành viên của Hội Sát Thủ một lần nữa, Altaïr phải lấy đi 9 mạng sống của Hội Templar đang có tầm ảnh hưởng ở 3 thành phố lớn ở vùng đất Thánh là Jerusalem, Acre và Damascus
Mục tiên của Altaïr là Tamir – một thương nhân chợ đen ở thành Damascus và anh phải đến đó và nhận sự chỉ dẫn của trưởng chi nhánh của hội ở đó mà không được phép tự ý hành động. Altaïr sau đó đã đến thành phố Damascus và trà trội vào các Giáo sĩ Thiên Chúa để có thể lẻn vào thành an toàn và tìm đến tòa nhà trụ sở của hội ở đây. Sau đó anh được trưởng chi nhánh của hội hướng dẫn và cung cấp một số manh mối để có thể tìm được thời cơ ám sát Tamir thành công. Vụ ám sát diễn rất thành công và Altaïr đã nhanh chóng lẻn đi ngay sau khi hạ sát và lấy được máu của Tamir làm bằng chứng.
Mục tiêu thứ hai của Altaïr là một Templar là thầy thuốc Garnier de Naplouse đang ở Acre, tên này là một thầy thuốc như cách chữa trị của hắn lại rất quái lạ và thường thì bệnh nhân của hắn chỉ muốn rời khỏi bệnh viện. Tuy nhiên thì Garnier lại không thích việc, hắn chỉ coi các con bệnh như công cụ phục vụ cho các phương pháp chữa trị mới của hắn và thậm chí là hắn còn đánh gãy chân một bệnh nhân dám bỏ trốn. Altaïr sau khi chứng kiến đã khéo léo lẫn vào trong bệnh viện và hạ sát Garnier ngay khi có cơ hội và nhanh chóng tẩu thoát.
Mục tiêu thứ ba của Altaïr là một tên buôn bán nô lệ Talal ở thành Jerusalem. Sau khi gặp trưởng chi nhánh ở đây thì anh đã rất bất ngờ vì đó chính là Malik. Malik sau khi bị thương đã phải cắt tay cánh tay phải sau đó anh đã không còn chiến đấu được nữa và Malik được Al Mualim giao cho nhiệm vụ coi sóc căn cứ ở Jerusalem. Malik và Altaïr sau khi gặp lại nhau thì tỏ ra không mấy vui vẻ, Malik thì vẫn tiếp tục trách cứ Altaïr về cái chết của em trai mình như vậy. Dù vậy thì anh vẫn phải đưa ra những chỉ dẫn để Altaïr vẫn có thể ám sát được Talal ngay tại hang ổ của hắn.
Và như vậy là 3 nhiệm vụ đầu tiên của Altaïr đã được hoàn thành tốt đẹp, anh cũng nhanh chóng hoàn thành việc ám sát 3 mục tiêu tiếp theo.
- Thứ nhất là Abu’l Nuqoud – một lái buôn của thành Damascus
- Thứ hai là William of Montferrat – một hiệp sĩ thập tự quân người Italia và là người cai trị thành Acre thay cho vua cha Richard the Lionheart
- Thứ ba là Majd Addin – người cai trị thành Jerusalem thay cho vua Salāḥ ad-Dīn
Tuy nhiên đến mục tiêu thứ 7 là Sibrand – một Grand Master của nhóm hiệp sĩ Teutonic tại Italy, một nhóm hiệp sĩ người Đức tham gia Thập Tự Chinh lần thứ 3 thì mọi việc bắt đầu trở nên khó khăn hơn vì lúc này thì cả 6 Templar cao cấp đều bị giết, điều đó khiến cho Sibrand càng trở nên cảnh giác hơn.
Quân lính được bố trí rải rác ở khắp nơi, trên mái nhà và các chòi gỗ đầy rẫy các cung thủ canh chừng và luôn sẵn sàng hạ sát mục tiêu khi thấy điều gì bất thường. Trước hàng phòng thủ dày đặc như vậy thì Altaïr không có cách nào có thể tiếp cận được Sibrand, anh đành phải chứng kiến Sibrand ra tay giết một vị học giả vì nghĩ rằng đó là người của phe Assassin cử đến để ám sát hắn.
